top of page
программирование

Программная и операционная среды

Бесплатные среды программирования в математической статистике и генетике животных

  1. The Comprehensive R Archive Network

  2. CRAN Task Views.

  3. Bioconductor R — это масштабный FLOSS-проект, предоставляющий множество отдельных пакетов для биоинформатических исследований. Это бесплатный проект программного обеспечения с открытым исходным кодом и открытой разработкой для анализа и понимания геномных данных, полученных в ходе влажных лабораторных экспериментов по молекулярной биологии.

  4. SAS. Вычислительная среда программирования.

  5. Biopython - это коллекция некоммерческих инструментов Python с открытым исходным кодом для вычислительной биологии и биоинформатики, созданная международной ассоциацией разработчиков.

  6. BioPerl представляет собой набор модулей Perl, которые облегчают разработку сценариев Perl для приложений биоинформатики

  7. BioPHP представляет собой набор PHP-кода с открытым исходным кодом, с классами для анализа последовательности ДНК и белка, выравнивания, анализа базы данных и других инструментов биоинформатики.

  8. BioMOBY - это реестр веб-сервисов, используемых в биоинформатике. Это обеспечивает функциональную совместимость между хостами биологических данных и аналитическими сервисами, аннотируя сервисы терминами, взятыми из стандартных онтологий.

  9. BioJS - проект с открытым исходным кодом для данных биоинформатики.

  10. BioJava - проект программного обеспечения с открытым исходным кодом, предназначенный для предоставления инструментов Java для обработки биологических данных.

  11. BioRuby -это коллекция кода Ruby с открытым исходным кодом, включающая классы для вычислительной молекулярной биологии и биоинформатики. Он содержит классы для анализа последовательностей ДНК и белков, выравнивания последовательностей, анализа биологических баз данных, структурной биологии и других задач биоинформатики.

  12. VassarStats website, (Richard Lowry, Ph.D.) визуализатор в виде таблиц

  13. Визуальная статистика для генетических расчетов в онлайн - таблицах (web, 7zip).

Визуализация программирования, операторы

  1. rstudio

  2. R commander (Rcmdr)

  3. SAS Wiki

  4. R Wiki

  5. PathWaysWiki

Расчет и работа с фенотипическими и геномными данными

  1. Galaxy Воспроизводимый и прозрачный геномный анализ

  2. KNIME является бесплатной платформой для анализа, отчетности и интеграции данных с открытым исходным кодом.

  3. RapidMiner является бесплатной платформой для анализа, отчетности и интеграции данных с открытым исходным кодом

  4. UGENE is free open-source cross-platform bioinformatics software

  5. geWorkbench (genomics Workbench) — это программная платформа с открытым исходным кодом для интегрированного анализа геномных данных.

  6. Молекулярно-эволюционный генетический анализ (MEGA) — это компьютерное программное обеспечение для проведения статистического анализа молекулярной эволюции и построения филогенетических деревьев.

Математическая описательная статистика

  1. SAS (ранее «Система статистического анализа») - это набор статистического программного обеспечения, разработанный Институтом SAS для расширенной аналитики, многомерного анализа, бизнес-аналитики, уголовного расследования, управления данными и прогнозной аналитики.

  2. Orange - это компонентный программный пакет для визуального программирования для визуализации данных, машинного обучения, интеллектуального анализа данных и анализа данных

  3. SOFA - Статистика открыта для всех, это удобная статистика с открытым исходным кодом, пакет дляанализа и печати отчетности

  4. OpenStat - это бесплатное статистическое программное обеспечение / пакет общего назначения. Поддерживаются все версии Windows (Windows XP, Windows 7, Windows 8). Он также доступен для систем Linux (под Wine).

  5. JASP - система статистики с машинным обучением

  6. Scilab - это бесплатный кроссплатформенный вычислительный пакет с открытым исходным кодом и высокоуровневый, ориентированный на нумерацию язык программирования. Он может использоваться для обработки сигналов, статистического анализа, улучшения изображения, моделирования динамики жидкости, численной оптимизации и моделирования, моделирования явных и неявных динамических систем и (если установлен соответствующий инструментарий) символьных манипуляций.

  7. SPSS Statistics - это программный пакет, используемый для интерактивного или пакетного статистического анализа.

  8. Stata - это статистический программный пакет общего назначения. Большинство его пользователей работают в области исследований, особенно в области экономики, социологии, политологии, биомедицины и эпидемиологии.

  9. Statistica - это передовой аналитический программный пакет

Программы для расчета праймеров

  1. PrimerBLAST

  2. Primer3Plus

  3. oli2GO

  4. primeval

  5. ​

  6. ​


Программы подбора праймеров и зондов (ссылка)

Генетические базы данных

  1. Bacterial Diversity

  2. Catalogue of Life

  3. BacDive (the Bacterial Diversity Metadatabase)

  4. UniProt - это свободно доступная база данных о последовательностях белков и функциональной информации, многие записи которой получены в результате проектов по секвенированию генома. Он содержит большое количество информации о биологической функции белков, полученной из научной литературы. Он поддерживается консорциумом UniProt, в состав которого входят несколько европейских организаций по биоинформатике и фонд из Вашингтона, округ Колумбия, США.

  5. PDBj (Банк данных о белках в Японии) — это проектная группа, работающая в рамках совместной деятельности по использованию и исследованиям Института белковых исследований Университета Осаки. Мы поддерживаем единые глобальные архивы макромолекулярных структур PDB/BMRB/EMDB и предоставляем интегрированные инструменты в сотрудничестве с RCSB PDB в США, PDBe в ЕС, BMRB в США и EMDB в ЕС. PDBj поддерживается JST-NBDC и AMED-BINDS.

  6. Expasy - биоинформационный портал анализа биологических молекул

  7. Список баз данных модельных организмов

  8. OMIA - Online Mendelian Inheritance

  9. Haploview — широко используемое программное обеспечение для биоинформатики, предназначенное для анализа и визуализации паттернов неравновесия по сцеплению (LD) в генетических данных.

  10. NCBI - Национальный центр биотехнологической информации продвигает науку и здоровье, предоставляя доступ к биомедицинской и геномной информации.

  11. EMBL - Европейская лаборатория молекулярной биологии.

  12. ensembl — это геномный браузер для геномов позвоночных, поддерживающий исследования в области сравнительной геномики, эволюции, изменчивости последовательностей и регуляции транскрипции. Ensembl аннотирует гены, вычисляет множественные выравнивания, прогнозирует регуляторную функцию и собирает данные о заболеваниях. Инструменты Ensembl включают BLAST, BLAT, BioMart и Variant Effect Predictor (VEP) для всех поддерживаемых видов.

​

Программы для работы с математическими формулами

  1. Mathtype

  2. LaTeX

  3. Adobe FrameMaker

Операционные системы (ОС) x286(32) или AMD64

  1. Ubuntu для новых машин 

  2. Mint для новых машин Cinnamon, для машин постарше MATE или для расчетов Xfce

  3. Xubuntu для старых машин Xfce

  4. Kubuntu для любителей Windows c Plasma

  5. Lubuntu для старых машин и скоростной загрузки ноутбуков с интерфейсом LXDE/LXQT

  1.  Список программного обеспечения с открытым исходным кодом для биоинформатики

  2.  Список программного обеспечения для выравнивания последовательностей

  3. Список  программ генной инженерии

  4. Список  молекулярных графических систем

  5. Список статистического программного обеспечения

  6. Список программ для работы с данными по здоровью

  7. Список программ для визуализации биологических данных

  8.  Список cовременного бесплатного программного обеспечения для статистического анализа в молекулярной медицине и генетике

  9.  Список cовременного бесплатного программного обеспечения для филогенетического анализа

Короткий список комманд bash коммандной строки Linux 

Программы для изучения количественной генетики

  1. Для изучения концепции количественной генетики и ее применения в животноводстве полезно, например, использовать программу GenUP, которая содержит ряд обучающих модулей. Эти модули в основном основаны на алгоритмах, а не на информации, а это означает, что вам предоставляется возможность изучить свойства предмета, а не просто  информацию о нем (zip).

  2. Онлайн программные модули для количественной и популяционной генетики (JAVA script сайт)

iДНК-ПЛЕМстат текущая версия

© 2020 iDNA-PLEMstat

bottom of page