iДНК-ПЛЕМстат версия_1.24.11
Из лучшего делать лучшее
Биоинформатика
Услуги в области обработки данных
iДНК-ПЛЕМстат представляет услуги в области обработки данных, проверки их надежности и воспроизводимости, статистических расчетах.
Также возможно осуществление проектов постороения техологических цепочек, связанных с передачей данных, цифровизации биотехнологических процессов в агропроизводстве, хранения данных, формирования государственной отчетности.
Консультации по статистической обработке фенотипических и биометрических данных
Консультации по статистической обработке фенотипических и биометрических данных, проведение ассоциативных исследований по поиску структурно-функциональных связей генома животных и фенотипического проявления наблюдаемого селекционного признака.
Полногеномный поиск ассоциаций (GWAS) — направление генетических исследований, связанных с исследованием ассоциаций между геномными вариантами и фенотипическими признаками. Под полногеномным поиском ассоциаций подразумевают поиск связей между однонуклеотидными полиморфизмами (англ. single-nucleotide polymorphism, SNP) и заболеваниями животных.
Основная цель GWAS заключается в идентификации генетических факторов риска, чтобы дать обоснованный прогноз о предрасположенности к заболеванию, а также в выявлении биологических основ восприимчивости к болезни для разработки новых стратегий профилактики и лечения.
В исследованиях такого типа обычно сравнивают геномы группы больных животных, имеющих разные фенотипы, с геномами контрольной группы, включающей в себя аналогичных по возрасту, полу и другим признакам здоровых особей.
С помощью GWAS можно сравнивать не только геномы пациентов, но и здоровых особей, имеющих разные проявления одного и того же фенотипического признака. Материалом для исследования являются образцы геномной ДНК каждого индивидуума, в которой с помощью микрочипов ищут SNP. Если удаётся выявить варианты геномов (точнее, совокупность аллелей), которые значимо чаще встречаются у особейс данным заболеванием, то говорят, что такой вариант связан (или ассоциирован) с болезнью. В отличие от методов, которые проверяют один или несколько конкретных участков генома, полногеномный поиск ассоциаций использует полную последовательность ДНК.
Следует отметить, что этот подход к исследованиям не выявляет мутации, ставшие причиной заболевания, а только более или менее значительную корреляцию с заболеванием или другим признаком.
Исследование не включает в себя расходы по сбору фенотипических данных, включает генотипирование на чипе средней плотности компании Illumina, построение первичной математической линейной модели и статистическую обработку данных.
Стоимость указана за голову животного не считая стоимости проживания и командировочных и транспортных расходов.
Подбор праймеров и реализация диагностикума изменчивости генов животных
Подбор специфических нуклеотидов, химических реагентов и пластика, разработка алгоритмов анализа, под оборудование, применяемое в лаборатории, обработки и хранения данных согласно техническому заданию, согласованному заранее с заказчиком.
В стоимость входит подбор праймеров и оборудования, тестирование трёх вариантов диагностикума SNP на 10 образцах биологического материала, содержащего два варианта изменчивости гена-мишени методом AFLP, RFLP, RT-PCR или праймер-селективной ПЦР.
Минимальное требование – предоставление информации о названии интересующего Вас полиморфизма, соответствующего гена и ссылок на публикации.
Если Вы не имеете возможности предоставить целевую последовательность, мы проведём для Вас поиск в базах данных и литературе.
В случае, если Вы предоставляете полную информацию о последовательности, обязательно укажите номер мутации (rs) по базе данных dbSNP
В стоимость не входит получение контрольных образцов и сборка коробки реагентов.
Стоимость сбора коробки реагентов (не менее, чем на 100 тестов) увеличивается на стоимость расходных материалов, пластика, перчаток, химических реагентов, документации, транспортных, расходов на сборку теста и накладных расходов.
Целевое, фрагментное секвенирование генов животных
Подбор праймеров для целевого секвенирования генов геномной ДНК и РНК в соответствии с пожеланиями заказчика.
Подбор праймеров осуществляется с учётом экзон-интронной структуры. Специфические олигонуклеотиды подбираются в соответствии с заданной длиной секвенирования на приборах класса iSeq, HiSeq, MySeq с перекрытием соседних областей.
Рекомендуется для коротких генов или фрагментов использовать более короткие фрагменты амплификации, а для секвенирования длинных генов длинные. Также в случае сборки генов de novo без данных референтного генома рекомендуется использовать длинные фрагменты амплификации.
Рекомендуется проводить секвенирование целевых панелей с покрытием не менее 100-500 для выявления редких вариантов изменчивости генов.
В стоимость включен подбор олигонуклеотидов и файл спецификация на 1 ген средней протяженности от 1000 п.н. в случае сложной структуры транскрипции - стоимость может быть увеличена. Работы осуществляются согласно техническому заданию, согласованному заранее.
В стоимость работ не входит стоимость заказанной панели праймеров, стоимость адаптеров, стоимость реактивов для амплификации и секвенирования, стоимость запуска приборов, но это может быть оговорено отдельно.
В стоимость не входят транспортные, накладные и командировочные расходы.
Генетическая оценка быков методом СС
Оценка быков-производителей до 1-го поколения по методу СС Проведение оценки биометрических и зоотехнических показателей, нормы ICAR, Селекс, рекомендации, обработка данных.
Подбор быков и их закрепления.
Стоимость указана за каждую голову животного.
В стоимость не входит обучение по программе,. командировочные и накладные расходы.
Генетическая оценка животных
Консультации по генетической оценке сельскохозяйственных животных. Оценка племенной ценности по BLUP и многофакторному анализу, описательной статистике.
Консультации по составлению индексов и ранжированию животных по международным индексам и системам оценки.
Помощь в подборе быков-производителей зарубежной селекции оп основным каталогам крупных генетических компаний.
Стоимость договорная и зависит от сложности поставленных задач и объема работ, составляет за голову животного не считая стоимости проживания и командировочных и транспортных расходов.
